宏基因组学也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及环境之间的关系。

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基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq，Restriction-site Associated DNA Sequence）是对与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA进行高通量测序。

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宏基因组测序是对特定环境样品中的微生物群体基因组（尤其是那些种类众多的难于培养的微生物），进行序列测定和功能基因的发掘。

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ChIP-Seq（染色质免疫共沉淀测序）采用高效率的染色质免疫共沉淀（ChIP）方法和下一代测序（NGS）技术相结合分析蛋白质-DNA相互作用。

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